Ο Γιάννης Παπαθεοδώρου αποφοίτησε από το Τμήμα Φιλολογίας του ΕΚΠΑ και, στη συνέχεια, εκπόνησε, στο ίδιο τμήμα, τη διδακτορική του διατριβή για τις Ακυβέρνητες πολιτείες του Στρατή Τσίρκα. Με υποτροφία του ΙΚΥ, ολοκλήρωσε τη μεταδιδακτορική του έρευνα γύρω από ζητήματα της καβαφικής κριτικής (Τμήμα Φιλολογίας, Τομέας Γενικής και Συγκριτικής Γραμματολογίας, ΑΠΘ). Από το 2019 είναι αναπληρωτής καθηγητής Νεοελληνικής Φιλολογίας στη Σχολή Ανθρωπιστικών και Κοινωνικών Επιστημών του Πανεπιστημίου Πατρών. Έχει επίσης διδάξει στο Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας, στο Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων και στο Ελληνικό Ανοικτό Πανεπιστήμιο. Η κύρια επιστημονική αρθρογραφία του καθώς και οι συμμετοχές του σε ελληνικά και διεθνή συνέδρια αφορούν, εκτός από τον Στρατή Τσίρκα και τον Κ. Π. Καβάφη, το έργο πολλών νεοελλήνων λογοτεχνών (19ος-20ος αιώνας). Στη μονογραφία του με τίτλο Ρομαντικά πεπρωμένα. Ο Αριστοτέλης Βαλαωρίτης ως “εθνικός ποιητής” (Βιβλιόραμα, Αθήνα 2009), εξετάζει τη σχέση της «εθνικής ποίησης» με τη Μεγάλη Ιδέα. Από τις εκδόσεις του ΜΙΕΤ κυκλοφορεί, με δική του εισαγωγή, το βιβλίο Η ανάγνωση (2016). Σε συνεπιμέλεια με τον Χρήστο Δερμεντζόπουλο έχει εκδώσει τον συλλογικό τόμο Συνηθισμένοι άνθρωποι. Μελέτες για τη λαϊκή και δημοφιλή κουλτούρα (Opportuna, Αθήνα 2021). Σε μετάφραση του Βάιου Ντάφου και σε συνεργασία με τον Νίκο Κοκκομέλη και τον Αλέξανδρο Κατσιγιάννη, επανεκδόθηκε πρόσφατα το Υπόμνημα του Αδαμάντιου Κοραή (Αμολγός, Αθήνα 2022), πλαισιωμένο από εκτενή μελέτη του συγγραφέα για τις ιδέες του Διαφωτισμού. Από τις Εκδόσεις Άγρα, μόλις κυκλοφόρησε σε νέα έκδοση το βιβλίο του Μάριου Χάκκα Τυφεκιοφόρος του εχθρού με επίμετρο του Γιάννη Παπαθεοδώρου. (Πηγή: "Εκδόσεις Άγρα", 2024)